Februari Tahun 2011, sekelompok orang muda yang terbentuk dalam wadah organisasi Panitia Persiapan Pendirian SMAN 2 Komodo mulai mendiskusikan tentang rencana pendirian sekolah menengah di Desa Nggorang. Diskusi ini diinspirasi oleh wacana yang dihembuskan Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Manggarai Barat bahwa akan dibuka Sekolah Menengah Umum (SMA) di Labuan Bajo dan sekitarnya.

Diskusi para pemuda yang dimotori oleh Bpk. Stanis Rasi, Bpk. Bonaventura Abunawan, Bpk. Laurens Sun dan kawan-kawan tersebut menghasilkan beberapa kesepakatan untuk ditindaklanjuti antara lain: Persiapan/pemetaan tanah yang diperuntukan pendirian sekolah, penyusunan proposal pendirian sekolah, pemilihan Komite Persiapan dan pembentukan Panitia Penerimaan Peserta Didik Baru.

Komite Persiapan yang dipilih adalah Bapak Abubakar Sidik dan Ketua Panitia Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB) tahun pelajaran 2011/2012 adalah Bapak Sakarias Sahibun,S.Pd. Di bawah koordinasi Komite Persiapan Panitia Penerimaan Peserta didik Baru (PPDB) mulai menjalani tugas promosi, penerimaan/pendaftaran peserta didik baru dan peserta didik yang berhasil didaftar berjumlah 109 namun yang memenuhi persyaratan administrasi sejumlah 98 orang.

Sehubungan dengan akan dimulainya kegiatan belajar mengajar, maka Komite Persiapan SMA Nggorang melaksanakan rapat internal untuk mengangkat Bapak Agustinus Bayuwarta. S.Pd menjadi Koordinator SMA Nggorang.

Tugas Koordinator adalah menyiapkan dokumen administrasi dan mengupayakan izin operasional serta mengurus NPSN dan nomor statistik sekolah, menyiapkan guru serta mengatur kegiatan proses belajar mengajar. Pembukaan proses pembelajaran di mulai tanggal 19 Juli 2011 melalui apel pembukaan yang dilaksanakan di lLapanganan upacara SMP Negeri 2 Komodo.

Selanjutnya berdasarkan surat Kepala Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Manggarai Barat nomor: PPO.800.1041/IX/2011 perihal pembentukan kelas Filial SMAN 1 Komodo di Nggorang, maka Kepala SMA Negeri 1 Komodo menugaskan Agustinus Bayuwarta, S.Pd (guru SMAN 1 Komodo) untuk menjadi Koordinator Penerimaan dan Pengendali Pembelajaran pada kelas Filial SMA Negeri 1 Komodo di Nggorang. Dengan demikian SMA Nggorang berubah menjadi SMAN 1 Komodo di Nggorang.
Sebutan SMAN 1 Komodo di Nggorang hanya bertahan sebulan.

Selanjutnya dinamakan SMA Negeri 2 Komodo, hal ini disebabkan karena Izin Opersional SMA Negeri 2 Komodo nomor: 92/KEP/HK/2011 telah terbit dan diserahterimakan oleh Bupati Manggarai Barat Drs.Agustinus CH Dula kepada Kepala Sekolah definitif Agustinus Bayuwarta, S.Pd. Acara serah-terima itu disaksikan oleh Kepada Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga serta tokoh masyarakat,tokoh pendidikan, tokoh adat dan lainnya dan berlangsung di Nggorang tanggal 16 Oktober 2011.

Sejak dibuka dan didirikannya SMA Negeri 2 Komodo banyak mengalami kemajuan yang signifikant. Memiliki 6 gedung berdiri indah di atas lahan seluas 7000 m2. Sekarang jumlah siswa sebanyak 318 orang yang terbagi dalam 12 rombongan belajar dan memiliki 3 jurusan yaitu IPA, IPS dan Bahasa.

Pada Tahun 2016 sekolah ini ditetapkan sebagai sekolah model berdasatkan SK Kepala LPMP Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor: 2671/136/LL/2016. Manajemen Mutu yang menjadi andalannya adalah Sistem Penjamin Mutu Internal (SPMI).Dengan menjalankan manajemen SPMI secara konsisten dan berkesinambungan SMAN 2 Komodo mengalami kemajuan setiap tahunnya.